参与这个系统运作的十二个部委是海关总署、公安部、中国人民银行、国家工商行政管理局、铁道部、民航总局、外经贸部、税务总局、外汇管理局、出入境检验检疫局、交通部、信息产业部，它们将建立共同的中心数据库，实现相关信息共享；利用国际互联网互联互通，方便企业接入。
该系统将按照“电子底帐＋联网核查＋联网服务”的模式运作，涵盖进出口的所有环节，口岸管理由过去的“一对一，点对点”变成联网综合管理，将大大提高执法的整体效率、协调性、透明度，有助于遏制执法腐败。进出口服务由此实现“一个窗口”办公，企业可通过上网办理进出口手续，从而降低通关成本，提高贸易效率。由于实现了联网核查，并且有电子底帐，将从根本上解决利用假手册、假单证、假印章走私和骗汇、骗税问题。
海关总署官员说，联网核查的威力显而易见。中国海关内部关区和各管理环节去年建立电子底帐后，海关一年查获的“三假”走私案值由上年的21亿元人民币锐减至3亿元；海关去年与外汇管理局和银行建立“全国进口报关单联网核查系统”后，迅速遏制了利用假报关单的骗汇活动。
1998年，中国外贸顺差435亿美元，而同期贸易项下结售汇顺差仅47亿美元；联网后的1999年，贸易顺差292亿美元，同期结售汇顺差235亿美元；今年上半年贸易顺差123亿美元，结售汇顺差达到154亿美元。这说明国家外汇流失现象已得到扭转。
