中国台湾的行政院公平会调查微软公司与企业间的契约规定是否涉及不公平，微软台湾公司指出，微软台湾一定会依法配合公平会的调查，至于微软是否在契约中限制企业的发展，微软台湾否认这种说法。
公平会调查微软台湾的企业客户是否在合约上受到微软的不公平限制，包括升级付费、不得更换经销商、签约对象是新加坡微软等现象。微软台湾表示，依合约规定，使用微软电脑软件的企业可以随时更换经销商；至于企业升级要另行付费一事，微软台湾认为是他们为需要快速升级、更新软件的厂商提供另一种选择，并未强行所有企业采用同一方案。
微软台湾销售服务部资深经理程文燕表示，根据微软和企业间的合约，企业用户可以自由更换经销商，只要填一张表格告知微软即可，微软公司曾就这一点详细向公平会说明过；而且自去年七月一日到今年六月三十日的会计年度，有多达一百六十八家使用微软的台湾企业用户曾经更换过经销商，并未支付过任何费用。
另外针对台湾企业使用微软产品要和新加坡微软签约一事，程文燕表示，跨国企业多采取区域总部掌控的方式，由位于新加坡的亚洲微软区域总部来负责合约事宜，微软台湾和经销商负责其余事务；这项合约的内容和其他国家的企业是一样的，并未因为区域内不同国家或不同企业规模而有所不同。
至于在软件更新授权方案方面，程文燕说，有些企业喜欢不断更新版本，以及追求最新技术，因此微软针对这样的公司提供另一种授权方案，使用较低的成本来更新软件；如果企业并非经常更新软件版本，则根本不需担心时常要增加支出成本的问题，可以考虑用另一种授权方案。
而微软的原始码研究问题，程文燕说，微软的原始码目前只开放给研究电脑科技之用，一般企业和个人是用不到这些原始码，企业用户只要考虑如何将自家的应用程式置入微软的系统程式正常运作即可。
