除了Cyber Squater在暗地里活跃以外，注册系统的故障也进一步加剧了混乱。由于收到大量的申请访问，在开始受理注册后的几天内，全球24家受理日语域名注册的注册商，接连出现了不能访问注册gTLD的总部美国Verysign（音译）Global Registry Service（Verysign GRS）数据库的现象。
所以注册商之一的InterQ便改为“先由本公司接受所有注册申请，等到可以访问Verysign GRS数据库时一并申请注册”的处理方式。因此申请注册者，当时并不知道自己所申请的日语域名是否被正式注册。由于在日本有很多利用InterQ的用户，在开始注册后的3天内，通过该公司正式注册的日语域名就超过了1万个。
美国Verysign的子公司美国网络解决方案（Network Solutions，NSI），在其他注册商还陷入故障时，从日本时间11月10日上午9时开始发挥正常功能。不过，利用该公司服务的用户中也有人表示，“由于正常完成注册作业，以为已经成功注册，没有想到几天后收到电子邮件，表示因为注册失败要退款，令人哭笑不得”。
●正式受理开始之前便能注册
另外，在正是开始受理注册之前，就有人成功地“抢先”注册了相当于日语域名字符串。在注册日语域名时采用被称为“RACE”编码方式将日语转换成英文和数字。例如，“日经.COM”实际上被注册为“BQ--3BS6K7KM.COM”的字符串。那些事先掌握了该转换规则的用户，便在开始受理以前使用相当于日语域名的英文和数字注册了域名。
事实上，“日经.COM”便于10月22日已经由东京都西新宿的名为Web Japan的企业所注册。利用这一方法抢注“全日空.com”和“野村证券.com”的鹿儿岛县的一名男性则向本刊表示，“我想确认一下如果取得了转换成RACE代码的域名以后是否真的就无法再注册日语域名”。
现阶段还不清楚提前注册的域名是否能够实际使用，不过Verysign GRS似乎在考虑“封杀”提前注册的日语域名。
对于这一连串的混乱，有很多人指出“责任在于未准备充分便开始注册日语域名的美国Verysign GRS身上”（一家ISP干部）。“.COM”阵营希望赶在在日本市场上的最大竞争对手JP域名的前面开始注册日语域名。不过，此次的混乱说不定会使“.COM”域名的信用大打折扣。
